Le Conseil de surveillance est composé de représentants de plein exercice (représentants de l’Etat, des partenaires sociaux, de l'Assurance maladie, des élus, des usagers, et personnes qualifiées) et de membres siégeant avec voix consultative (représentants du personnel de l’agence, directeur général). Il est présidé par le Préfet de Région. Il approuve le compte financier et émet un avis sur :

• le plan stratégique régional de santé (en savoir plus sur le PRSR)
• le projet de contrat pluriannuel d’objectifs et de moyens de l’agence
• les résultats de l’action menée par l’agence

La conférence régionale de la santé et de l’autonomie (CRSA) est une instance de démocratie sanitaire, lieu privilégié de la concertation. Son champ de compétence est élargi pour couvrir l’ensemble des enjeux de santé. A l’image du conseil économique et social régional, les différents collèges de la commission plénière rassemblent l’ensemble des acteurs concernés par les politiques de santé dans la région. La commission plénière de la conférence peut faire toute proposition au directeur général de l’ARS au moment de l’élaboration du projet régional de santé afin de mieux prendre en compte les besoins de santé. Elle organise le débat public sur les questions de santé. Elle est saisie pour avis par l’ARS et peut également s’autosaisir. Elle émet un avis sur le plan stratégique régional de santé (document intégré au projet régional de santé), procède à l’évaluation des conditions dans lesquelles sont appliqués et respectés les droits des malades et des usagers du système de santé, et transmet un rapport annuel à l’ARS et à la conférence nationale de santé. 

Les travaux des ARS sont coordonnés par le Comité de coordination des ARS. Il est notamment en charge de la fixation des objectifs des ARS, de la gestion de leurs moyens financiers et humains. Il assure la coordination entre les directions centrales du ministère chargé de la santé, l’Assurance maladie (régime général avec la CNAM et régimes spéciaux avec la MSA et le RSI) et la Caisse Nationale de Solidarité et d’Autonomie (CNSA).

L’ARS anime deux commissions : l’une de coordination des politiques dans le secteur de la prévention, l’autre de coordination de la prise en charge et de l’accompagnement médico-social.

L’ARS s’appuie sur des délégations territoriales départementales. Les délégations départementales de l'agence peuvent être chargées de décliner les politiques régionales de l'agence localement, de servir d'interface entre le niveau régional et le niveau de proximité, d'accompagner les acteurs locaux dans la mise en œuvre de leurs projets. Elles jouent un rôle important d’animation territoriale.